Tuve una experiencia en la que el segundo controlador en la consola virtual solo se movería, no saltaría. Esto sucedió tanto con el WiiMote como con el controlador clásico.
Para solucionar este problema, eliminé uno de los juegos de la consola virtual y lo volví a descargar. El mismo problema. También verifiqué que tenía la última actualización del sistema.
El problema se resolvió desconectando los controladores de gamecube de la unidad Wii.
De acuerdo con el soporte de Nintendo, tener estos conectados puede entrar en conflicto con los controles de WiiMote.